Wissenschaftliche Freiheit endet dort, wo der Wissenschaftler resp. die Wissenschaftlerin gegen rechtliche Restriktionen und Prinzipien wissenschaftlichen Arbeitens verstößt. Exzellente Forschung definiert sich somit nicht nur über die durch sie gewonnenen Ergebnisse, sondern ebenso über die Regeln der guten wissenschaftlichen Praxis, die sowohl in der wissenschaftlichen Gemeinschaft als auch in der Öffentlichkeit für Vertrauen und Akzeptanz sorgen sollen. In Deutschland verpflichtet sich zum Beispiel die DFG, die Konzepte guter wissenschaftlicher Praxis zu fördern und zu unterstützen, etwa durch ein unabhängiges Ombudsmannsystem.