Wegen ihrer Anfrage, ob den UnterzeichnerInnen des offenes Briefes zur Verteidigung der antiisraelischen DemonstrantInnen Forschungsgelder gekürzt werden könnten, steht Bettina Stark-Watzinger weiterhin in der Kritik.
Der Präsident der Hochschulrektorenkonferenz, Walter Rosenthal, argumentierte, dass man über die konkreten Meinungsäußerungen unterschiedlicher Auffassung sein könnte, die Verknüpfung des Dissenses mit der Frage der Förderwürdigkeit stelle jedoch eine Verletzung der Wissenschaftsfreiheit dar.
Das Netzwerk für Gute Arbeit in der Wissenschaft forderte den Rücktritt Stark-Watzingers: "Wer Drittmittel als Waffe gegen politische Gegner benutzt, ist ein Feind der Wissenschaftsfreiheit."

Zum Artikel von Kathrin Müller-Lancé in der Süddeutschen Zeitung

Auch Jan-Martin Wiarda fasst in seinem Blog die Vorgänge um die interne Prüfbitte zusammen und zitiert weitere KritikerInnen Bettina Stark-Watzingers. Sein Fazit: "Die Bildungsministerin persönlich muss sich jetzt dringend, eindeutig und klar vernehmlich äußern, dem entstandenen Eindruck widersprechen und erläutern, wie es zu den Vorgängen kommen konnte." Schließlich seien bereits erste Rücktrittsforderungen aus Wissenschaft und Politik zu hören. "Doch auf dem Spiel steht nicht nur ihre Akzeptanz als Bundesforschungsministerin, sondern auch der Ruf künftiger Förderentscheidungen, an denen das BMBF mitwirkt."

Zum Kommentar "Schweigen ist jetzt keine Option"  von Jan-Martin Wiarda in seinem Blog

Thomas Thiel gibt in seinem Artikel "Die Freiheit einer Präsidentin" in der Frankfurter Allgemeinen Zeitung einen Überblick über die Rechtslage in Zusammenhang mit dem polizeilichen Vorgehen gegen Protestierende: Weder Nancy Fraser, der nach der Unterzeichnung eines offenen Briefs, in dem Israel Genozid vorgeworfen wurde, eine geplante Gastprofessur wieder entzogen wurde, noch die Studierenden, deren Proteste von der Polizei beendet wurden, haben juristische Schritte eingeleitet. "Dass die meisten Beschwerden nicht zu juristischen Schritten führen, mag damit zu tun haben, dass Anwälte mangels Erfolgsaussicht davon abraten oder dass ein Gerichtsverfahren mehr Aufwand als die Unterschrift unter einen Protestbrief bedeutet", schreibt Thiel.
Die UnterzeichnerInnen des offenen Briefes zur Unterstützung der Protestierenden gingen hingegen davon aus, dass die Universitäten das Recht auf Versammlungsfreiheit zu garantieren hätten. Das aber ist laut Thiel, auch wenn man die Sachbeschädigungen und antisemitischen Symbole nicht mit einrechnet, nicht eindeutig klar: "Man berief sich auf das Fraport-Urteil des Bundesverfassungsgerichts, das Demonstrationen in öffentlichen Gebäuden unter bestimmten Umständen auch gegen den Willen des Eigentümers erlaubt, verschwieg jedoch, dass es juristisch ungeklärt ist, ob dieses Urteil auf Universitäten übertragbar ist."
Anders wiederum fällt Thiels Einschätzung aus, sobald PolitikerInnen in die Belange und Entscheidungen der Hochschulen intervenieren: "Es ist (...) verständlich, wenn die Hochschulrektorenkonferenz die Politik wiederholt ermahnt hat, die Autonomie der Hochschulpräsidien im Umgang mit den Protesten zu achten, auch wenn nicht jeder Kommentar eines Politikers als direkte Handlungsanweisung oder als Angriff auf die Wissenschaftsfreiheit zu verstehen ist."

Zum Artikel von Thomas Thiel in der Frankfurter Allgemeinen Zeitung