Das heutige Klinikum wurde 1834 als Haidhauser Armen- und Krankenanstalt mit 36 Betten in einem ehemaligen Kaffeehaus gegründet, 1840 vom Orden der Barmherzigen Schwestern vom hl. Vinzenz von Paul übernommen und 130 Jahre lang geführt. Mit der Eingemeindung nach München kam die Umbenennung in Krankenhaus rechts der Isar – darauf verweist das noch heute gebräuchliche Kürzel MRI, das für (Krankenhaus) München rechts der Isar steht. Man war nun in der Lage bis zu 159 Patienten zu versorgen, die man ab 1866 erstmals in Angehörige der chirurgischen und internen Abteilung trennte. Bis 1902 wurde unter dem starken Druck der Bevölkerungszunahme auf 736 Betten aufgestockt, von denen am Ende des Zweiten Weltkrieges nur noch 200 belegbar waren. Im März 1954 wurde im Rahmen eines umfassenden Krankenhausentwicklungsplanes der Stadt München das Krankenhaus rechts der Isar wieder auf- und ausgebaut.

1967 wurde das Krankenhaus, unter anderem dank Georg Maurer, zu einer Universitätsklinik. Es erhielt den Status Universitätsklinikum der Technischen Hochschule München, der späteren Technischen Universität München (TUM) und wurde um einen Hörsaaltrakt erweitert. Seitdem wird das Klinikum kontinuierlich ausgebaut und modernisiert.

Seit Juli 2003 ist das Klinikum eine rechtlich selbstständige Anstalt des öffentlichen Rechts.

Für weltweit großes Aufsehen sorgte die erfolgreiche Transplantation von zwei kompletten Armen im Juni 2008, bei der etwa 40 Ärzte beteiligt waren. Zwei Jahre später war der Heilungsprozess des Patienten so weit fortgeschritten, dass er Hände und Finger wieder bewegen und benutzen konnte.

Im Jahr 2009 feierte das Klinikum sein 175-jähriges Bestehen.

Kliniken und Abteilungen

Heute besteht das Klinikum rechts der Isar aus 33 Kliniken und Abteilungen, hinzu kommen 17 Institute und mehrere Interdisziplinäre Zentren. Das Roman-Herzog-Krebszentrum (RHCCC)[5] widmet sich der verbesserten Versorgung von Patienten mit allen Arten von Krebserkrankungen. Jährlich werden etwa 58.000 Patienten stationär und 220.000 Patienten ambulant behandelt.[6] Das Klinikum wird von einem vierköpfigen Vorstand geleitet, in dem der Ärztliche Direktor, der Kaufmännische Direktor, der Dekan der Medizinischen Fakultät und die Pflegedirektorin vertreten sind. Vorstandsvorsitzender ist der Ärztliche Direktor.