Die Fachhochschule Westküste wurde auf Initiative der Unternehmer und Politiker der Region 1993 gegründet. Sie nahm zunächst in angemieteten Räumen ihren Betrieb auf, so dass bereits 1997 die ersten Absolventinnen und Absolventen verabschiedet werden konnten.

Im Jahr 2000 war dann endlich das neue Hochschulgebäude im Osten von Heide fertig. 2008 gab es knapp 400 Erstsemester, so dass an der FHW 2009 bereits etwa 1200 Studierende eingeschrieben waren. Im Rahmen des Hochschulpakts für eine bis 2015 wachsende Anzahl Studienwilliger hat die FHW das relativ größte Paket im Lande übernommen und ist damit zum Wintersemester 2012 auf etwa 1500 Studierende angewachsen.

Mit der Umstellung auf die neuen Abschlüsse "Bachelor" und "Master" wurde 2004 begonnen, die FHW war die erste Hochschule in Schleswig-Holstein, die den Bologna-Prozess abgeschlossen hatte. Gleichzeitig wurde die Internationalisierung der FHW voran getrieben, so dass heute regelmäßige Beziehungen zu über 20 Hochschulen auf allen Kontinenten bestehen.